一徹がつけさせた秘密特訓の武器“大リーグ養成ギブス”のために、飛雄馬はつらい思いをしていた。腕の筋肉をバネで常に逆方向に引っぱるそれは、飛雄馬の腕の力を10分の1にしてしまうのだ・・

一徹が監督として初めて野球部に姿を現す。事の次第がおもしろくない部員たちは、「監督をテストしてやろう」と言い出した。

左門の執念の裏にあるものを知った飛雄馬は、打席に立つ左門の姿に、不憫な弟妹たちの影を見て、つい投球が鈍る。

巨人軍でプロ選手としての道を歩み始めた飛雄馬。だが、彼の剛速球は王・長島には通用しなかった。

プロ投手としての欠陥を克服するため、ついに飛雄馬は魔球・大リーグボール1号を開発することに成功する。しかし阪神タイガースの花形もまた、大リーグボールを打つために、自らの命を省みずに独自の特訓に励む。

メジャーリーグのカージナルスとの、日米親善試合で飛雄馬の前に現れた野球ロボット・オズマ。彼が放った言葉に動揺し、野球しかなかった自分の人生に疑問をもち、飛雄馬は野球に身が入らなくなってしまう・・

悲恋から立ち直れず二軍に甘んじる飛雄馬。それとは対照的に、中日ドラゴンズのコーチに就任する一徹。その一徹のもとで打倒飛雄馬に燃える野球ロボット・オズマ。飛雄馬の復活を待ち望むライバル、花形と左門。すべての役者が球場に集結し、いよいよ物語は佳境に突入。

目隠しをした伴宙太を相手に、飛雄馬は謎の特訓を続ける。 彼が目指す、大リーグボール二号とは！？

オズマが去った後、消える魔球を打てるものは伴宙太・・・！思わぬ一徹の指名。伴と飛雄馬の友情に危機がせまる。

伴宙太が、花形満が、大リーグボール2号に挑む。全身全霊をかけた男の勝負。消える魔球に運命の刻がせまる。

飛雄馬のアンダースローから繰りだされる、バットをよける球。オールスター戦で、第3の魔球「大リーグボール3号」が目覚めた。